內部稽核單位應辦理下列事項：
一、規劃內部稽核之組織、編制與職掌，並編撰內部稽核工作手冊及工作底稿，其內容至少應包括對內部控制制度各項規定與業務流程進行評估，以判斷現行規定、程序是否已具有適當之內部控制，管理單位與營業單位是否切實執行內部控制及執行內部控制之效益是否合理等，並隨時提出改進意見。
二、擬訂年度稽核計畫，並依子公司或各單位業務風險特性及其內部稽核執行情形，訂定對子公司或各單位之查核計畫。
金融控股公司及銀行業應辦理自行查核，並由內部稽核單位查核各單位（金融控股公司含子公司）之內部控制制度自行查核作業辦理情形，併同內部稽核單位所發現之內部控制缺失及異常事項改善情形，以作為出具內部控制制度聲明書之依據。
金融控股公司及銀行業管理單位及營業單位發生重大缺失或弊端時，內部稽核單位應有懲處建議權，並應於內部稽核報告中充分揭露對重大缺失應負責之失職人員。