銀行業內部稽核單位對國內營業、財務、資產保管、資訊及資訊安全專責單位每年至少應辦理一次一般查核及一次專案查核，對其他管理單位每年至少應辦理一次專案查核；對各種作業中心、國外營業單位及國外子行每年至少辦理一次一般查核；對國外辦事處之查核方式可以表報稽核替代或彈性調整實地查核頻率。
銀行業內部稽核單位應將營業單位辦理信託業務、財富管理及金融商品銷售業務有無不當行銷、商品內容是否充分揭露、相關風險是否充分告知、契約是否公平及其他依法令或自律規範應負之義務之執行情形，併入對營業單位之一般查核或專案查核辦理。
金融控股公司內部稽核單位每年至少應辦理一次一般業務查核；每半年至少應對金融控股公司之財務、風險管理及法令遵循辦理一次專案業務查核；另辦理一般業務查核如已涵蓋專案業務查核之項目及範圍，且查核結果無重大缺失事項並於內部稽核報告敘明者，該半年度得免辦理專案業務查核。
內部稽核單位應將法令遵循制度之執行情形，併入對業務及管理單位之一般查核或專案查核辦理。