機要室分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科
（一）關於總統、副總統機要文件之簽辦及文稿之撰擬事項。
（二）關於總統、副總統致賀國內外人士新歲及受賀新歲、華誕、就職案之處理事項。
（三）關於本府通訊保密裝備聯繫暨軍用密語文件之保管與處理。
（四）關於總統、副總統攝影事項。
（五）其他奉交辦事項。
二、第二科
（一）關於總統、副總統名章之典守及鈐蓋事項。
（二）關於總統、副總統手令之登錄及承轉事項。
（三）關於總統、副總統私人文件之檔案管理事項。
（四）其他奉交辦事項。
三、第三科
（一）關於外國民間團體請蒞臨或請頒英文書面賀詞案簽辦事項。
（二）關於本府重要英文函件或資料簽辦事項。
（三）關於本府重要外文文件資料中譯或重要中文文件資料英譯事項。
（四）關於外國人士建議、請助等函件簽辦或迻譯事項。
（五）其他奉交辦事項。