人事處分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科
（一）關於本府編制、員額、文職人員任免、分發、銓審、陞遷、俸級等事項。
（二）關於本府資政、國策顧問聘免事項。
（三）關於本府及隸屬機關人事案件辦理及核轉事項。
（四）關於本府公務人員人事資料管理、維護等事項。
（五）其他奉交辦事項。
二、第二科
（一）關於本府軍職員額編配、任免、考績、獎懲、升遷、進修、俸級、保險、退伍等事項。
（二）關於本府文職人員考績（成）、獎懲、保障等事項。
（三）關於本府戰略顧問任免事項。
（四）關於本府差勤管理、識別證製發等事項。
（五）關於本府涉及國家機密人員出境等事項。
（六）關於本府總值日安排及維護等事項。
（七）關於本府軍職人員人事資料管理、維護等事項。
（八）其他奉交辦事項。
三、第三科
（一）關於本府文職人員退休（職）、撫卹、資遣、撫慰及照護等事項。
（二）關於本府文職人員訓練、進修等事項。
（三）關於本府文職人員保險及各項補助等事項。
（四）關於本府員工福利及文康活動等事項。
（五）其他奉交辦事項。