會計處分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科
（一）公務統計資料彙整建檔。
（二）統計定期報表編輯製作。
（三）專案統計資料蒐集報告。
（四）其他奉交辦事項。
二、第二科
（一）本府主管概算、預算案及預算等編製事項。
（二）本府單位概算、預算案及預算之編製。
（三）所屬機關有關經費動支之核轉事項。
（四）本府年度預算案及決算立法院審議之備詢資料彙整事項。
（五）本府單位預算執行控制、內部審核及單位決算之編製等事項。
（六）其他奉交辦事項。
三、第三科
（一）本府歲入、歲出各種報表及主管決算編製等事項。
（二）各類傳票及付款、轉帳憑單編製、簿籍帳務登記；辦理預算執行收入支出單據憑證保管送審等事項。
（三）本府主計人事等相關案件及系統維護。
（四）本處公文收發用印及綜合性業務之辦理及追蹤。
（五）其他奉交辦事項。