空運管理組掌理事項如下：
一、民用航空運輸業、普通航空業、航空貨運承攬業與航空貨物集散站經營業設立之審議、給證、營運管理、督導及相關業務之推動。
二、外籍航空器飛航國境之管理；自用航空器飛航活動之管理及督導。
三、消費者與民用航空運輸業、普通航空業、航空貨運承攬業、航空貨物集散站經營業者間消費爭議及損害賠償案件之協調處理。
四、民用航空運輸業航線開闢之審議、給證、監督管理；離島航空運輸之虧損補貼、獎助及居民票價之補貼。
五、航空器租購、抵押之核准、登記、給證及保險之審核。
六、機場時間帶之協調；民用航空運輸業及普通航空業借用軍用機場之協調；機場起降額度分配及收回之審議。
七、民用航空運輸業、普通航空業、航空貨運承攬業、航空貨物集散站經營業、航空站地勤業及空廚業有關空運危險物品之督導。
八、航空保安業務之推行與督導及非法干擾事件之配合處理。
九、航空自由貿易港區之營運監督、管理與相關法規訂修及解釋之擬議。
十、其他有關空運管理事項。