飛航管制組掌理事項如下：
一、飛航管制、儀航程序、助航設備、航空通信、航空氣象、飛航情報與飛航服務安全管理系統相關規章之訂修、業務規劃及督導。
二、飛航管制、航空電子、航空通信、航空氣象及飛航情報人員訓練標準之訂修。
三、飛航管制人員檢定標準之訂修；航管系統作業標準之審核及飛航管制事件之處理。
四、臺北飛航情報區空域之規劃協調；航路設立及終端儀航程序之規劃。
五、軍民機場共用助航設備之協調；助航設備四周禁限建區域之劃設及解除；航管系統及其助航設備之規劃督導。
六、機場禁限建範圍外影響儀器離到場作業之超高建築物之審查。
七、飛航服務安全管理之查核及監理。
八、航空障礙燈設置標準之訂修。
九、飛航指南、航空公報之編纂及發布；地面專用無線電臺執照申請及註銷之核轉；航空氣象國內外合作協議之推動。
十、其他有關飛航管制事項。