申請人應於投資人持有股份屆滿三年之次年一月底前，檢具下列文件，向申請人所在地稅捐稽徵機關申請核發個人股東投資自綜合所得總額減除證明書（以下簡稱投資額減除證明書），並將該等文件副知中央主管機關；逾期申請者，不予受理：
一、中央目的事業主管機關核發高風險新創事業公司核定函影本及投資計畫核准函影本；經核發完成證明者，應併附完成證明影本。
二、投資人名冊，內容應包含名稱、統一編（證）號、繳納股款日期、認股股數與金額、連續持有達三年之股數及可減除金額。
三、投資人繳納股款證明文件。
四、其他經稅捐稽徵機關指定之資料。
申請人依前項規定應檢送之資料如有缺漏，經稅捐稽徵機關通知補正，屆期未補正或補正未完全者，不予受理。
稅捐稽徵機關就第一項申請及前項補正，應於受理申請日或申請人檢齊補正資料之日起算二個月內，將申請結果函復申請人，其經核准者，應併同核發投資額減除證明書。
申請人應於稅捐稽徵機關核發投資額減除證明書送達之次日起算一個月內，將該證明書轉發給投資人。
第一項投資額減除證明書之格式，由財政部定之。