秘書室分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）施政方針、施政計畫、工作報告、行事紀要及其他重要資料之彙編事項。
（二）委員會議、主管會報及其他重要會議之議事、紀錄事項。
（三）公共關係聯繫、業務介紹、新聞發布及輿情資料蒐集事項。
（四）機要事務之處理事項。
（五）重要業務及交辦案件之管制事項。
（六）公文管制及逾期公文之催辦事項。
（七）不屬於其他各組、室業務事項。
二、第二科：
（一）文書之彙陳、收發、繕校、印信典守及會令發布事項。
（二）檔案之點收、整理、分類、登記、掃描、編訂、保管及檢調等事項。
（三）採購招標作業及財物保管事項。
（四）經費出納、薪俸發放及現金票據之保管轉發等事項。
（五）駕駛、技工、工友管理；勞工保險與辦公廳舍、車輛之管理及各種有關庶務事項。