業務組分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）基金管理法規及行政規則之擬議及解釋事項。
（二）基金年度收支之規劃事項。
（三）基金委託收支業務之特約事項。
（四）基金委託收支機構之管理及績效考核事項。
（五）基金管理業務研究發展事項。
（六）基金提撥費率及其幅度之建議事項。
（七）軍職人員基金法令執行及疑義處理事項。
（八）軍職人員之基金費用收繳、欠費處理及資料管理事項。
（九）軍職人員各類退撫給與之核算及資料管理事項。
（十）其他有關本組綜合業務事項。
二、第二科：
（一）公務、政務人員基金法令執行及疑義處理事項。
（二）公務、政務人員之基金費用收繳、欠費處理及資料管理事項。
（三）公務、政務人員各類退撫給與之核算及資料管理事項。
（四）調整待遇變更繳納基金費用之資料處理及通知事項。
（五）本會與金融機構代收代付帳戶業務及關貿網路傳輸資料處理及查核事項。
（六）其他有關本組綜合業務事項。
三、第三科：
（一）教育人員基金法令執行及疑義處理事項。
（二）教育人員之基金費用收繳、欠費處理及資料管理事項。
（三）教育人員各類退撫給與之核算及資料管理事項。
（四）本會與金融機構代收代付帳戶業務及關貿網路傳輸資料處理及查核事項。
（五）其他有關本組綜合業務事項。