企劃處掌理左列事項：
一、關於年度施政方針、年度施政計畫之研訂、編製事項。
二、關於醫學及公共衛生之研究、發展事項。
三、關於各項衛生技術之研究、改進事項。
四、關於綜合性醫療保健計畫之研究、策劃事項。
五、關於醫藥保健之科技發展、研究事項。
六、關於國民健康保險之配合、策劃事項。
七、關於醫藥衛生資料之蒐集、建檔及評估事項。
八、關於本署行政效率與為民服務工作之規劃、協調及推動事項。
九、關於衛生業務研究、發展、管制及考核事項。
十、關於衛生人員專業培訓之督導、策劃事項。
十一、其他有關衛生企劃事項。