會計室掌理下列事項：
一、本署概（預）算之籌編與分配預算之編製。
二、本署追加減預算及動支預備金、經費流用核報編擬。
三、本署工程及財物採購稽核小組秘書作業。
四、本署營繕工程及採購作業之監辦。
五、預算經費之執行及收支事務之審核。
六、會計事務之處理及會計報告、績效報告與年度決算之編製。
七、原始憑證之整理、保管及送審。
八、預算法令、會計制度規章之蒐集、修正建議、擬議事項。
九、本署會計人員任免、遷調、考核、獎懲等案件之擬辦。
十、本署各項補助、委辦計畫經費之審核、撥款及保留。
十一、本署主管計畫經費處理相關規定之擬訂及輔導。
十二、本署各項補助、委辦計畫執行機關帳務之查核。
十三、審計機關抽查各項計畫抽查報告之處理。
十四、本署主管漁業財團法人預決算之審理。
十五、各項經費結存之核對及現金、財務查核。
十六、本署公務統計資料之蒐集整理、分析。
十七、公務統計報告之編送。
十八、本署統計制度之規劃、研擬及改進。
十九、其他有關會計、歲計、統計業務事項。