企劃組分設四科，各科掌理下列事項：
一、企劃科：
（一）漁業政策之研擬、協調及督導。
（二）漁業產銷與發展方案之擬訂、推動、督導及宣導。
（三）中長期漁業發展計畫方案之研擬策劃及督導。
（四）本署施政計畫與年度計畫之研擬策劃及督導。
（五）漁業發展計畫方案及業務之追蹤考核。
（六）彙辦漁業綜合發展計畫。
（七）彙編漁業發展計畫執行成果報告。
（八）漁業發展基金之策劃、運用、保管及督導。
（九）上級機關指示及交辦事項之列管追蹤。
（十）主管會報等重要會議之決定、決議事項之列管追蹤。
（十一）其他有關漁業企劃事項。
二、漁港規劃管理科：
（一）漁港中長期建設研議。
（二）漁港建設計畫研議。
（三）漁港管理及督導。
（四）漁港法規之研議及協調。
（五）漁港範圍與計畫之擬訂及備查。
（六）漁港區內船舶停泊管理制度之研擬。
（七）漁港設施使用之查核及督導。
（八）漁港區內遊艇泊區規劃、建設與管理制度之研議、協調及執行。
（九）其他有關漁港整體性政策規劃管理事項。
三、資訊科：
（一）漁業統計之規劃、研擬及改進。
（二）漁業統計資料之蒐集、整理、審核及分析。
（三）漁業統計報告、年報之編撰及統計資料檔案之建立、管理。
（四）漁業經營及經濟調查研究。
（五）漁業就業結構及漁村現況之研究。
（六）漁業資料蒐集及交換。
（七）漁業資訊發展之策劃、聯繫及協調。
（八）漁業資訊網站之規劃、建置及推廣應用。
（九）本署各項計畫有關電腦設置申請之審核。
（十）全國漁業資料庫之規劃及應用。
（十一）其他有關漁業資訊事項。
四、漁業工程科
（一）漁港建設計畫之推動及執行。
（二）養殖漁業工程計畫之推動及執行。
（三）漁業工程諮詢、災害復建及品質督導。
（四）其他有關漁業工程推動事項。