農業化學組掌理事項如下：
一、作物土水及養分管理、土壤改良、土壤化學及土壤物理之研究；耕作制度之設計及肥料技術之開發。
二、農業資源之調查、規劃、利用、農業遙測及空間資訊之運用；農業環境污染之復育、農業部門土壤碳匯與溫室氣體之盤點及負碳技術之研究。
三、有機農業技術之開發、土壤應用；微生物、土壤生物化學及根圈環境生態之研究。
四、農業環境物質之分析及土壤、植體診斷服務之技術開發。
五、農產化學與營養之研究；農產加工、農業生物資源利用與生物經濟產業之技術開發。
六、原住民農業產業策進研究。
七、其他有關農業化學研究事項。