本辦法所定漁獲證明書，分為下列五種：
一、漁船捕撈證明文件：指經主管機關許可從事遠洋漁業之漁船所捕撈之漁獲物，委由貨櫃船、非我國籍運搬船或飛機運回國內，以向財政部關務署申請免徵進口關稅及免予列入輸入管制之證明文件。
二、魚貨來源證明文件，指下列文件之一：
（一）記載漁獲物或漁產品之捕撈漁船、海域、期間、重量及其他來源資訊之證明文件。
（二）除記載前目來源資訊外，並依輸入國要求證明未經加工之漁獲物及其捕撈漁船符合一定衛生條件，以申請輸出動物產品檢疫證明書之證明文件。
三、漁獲統計文件：指依國際漁業組織養護管理措施要求對大目鮪或劍旗魚魚種所核發之漁獲貿易文件。
四、輸銷漁獲證明書：指漁獲物或漁產品之漁撈作業，未涉及非法、未報告及不受規範漁撈行為之證明書。
五、輸歐盟漁獲證明書：指漁獲物或漁產品之漁撈作業，符合歐洲聯盟（以下簡稱歐盟）理事會規定之證明書。