本局秘書室分設一、二、三科分別掌理下列事項：
一、第一科
（一）秘書室年度預算編列、執行、控管。
（二）秘書室文書、檔案、機密文件。
（三）年鑑編印及政府出版品管理。
（四）鐵道文物相關事宜。
（五）局長信箱列管、首長與民有約及諮詢。
（六）局務會議之議程、列管暨部務會議決議之列管。
（七）大陸人士及國外貴賓來訪之聯繫接待。
（八）法律事務。
（九）本局權責劃分。
（十）其他交辦事項。
二、第二科
（一）為民服務管考。
（二）文書流程管理。
（三）公文檢查。
（四）本局重大工程督導、列管及網路系統核報追蹤管考。
（五）本局「行政資訊公開目錄」管考及管理革新。
（六）本局年度施政計畫管考評估及彙報。
（七）本局工作考成績效評估及彙報。
（八）本局年度計畫資本支出執行結果預算評核。
（九）本局公共工程管考查核及標案統計。
（十）辦理公共工程金質獎之評選作業及相關事宜。
（十一）研究發展專案之列管及成果彙報。
（十二）其他交辦事項。
三、第三科
（一）辦理監察、立法委員考察接待。
（二）立法委員、各級民代關切案件列管。
（三）辦理立法院議事相關聯絡事項。
（四）交通部、首長管理系統交下案件之處理。
（五）新聞發佈、協調及聯繫。
（六）電子及平面媒體輿情處理。
（七）台鐵通訊編印發行。
（八）旅客意見書彙總處理。
（九）本局活動照相及政令宣導片之拍攝協助。
（十）外界申請電影（視）拍攝之劇本審核。
（十一）其他交辦事項。