本局政風室分設一、二、三科分別掌理下列事項：
一、第一科
（一）政風機構組織、政風人員之任免遷調、考績、考核、獎懲及訓練等管理建議。
（二）政風工作年度計畫之策劃、擬訂、預算編列及推動執行、檢討分析。
（三）公務機密維護之處理及協調。
（四）安全維護計畫之擬訂、督導及執行。
（五）危害及破壞之預防。
（六）協助處理陳情請願。
（七）其他交辦事項。
二、第二科
（一）廉政法令、預防措施之擬訂、推動及執行。
（二）廉政之宣導及社會參與。
（三）廉政興革建議之擬訂、協調及推動。
（四）訂定督導考核防弊措施、政風法令宣導之執行及缺失改進。
（五）公職人員財產申報、利益衝突迴避及廉政倫理相關業務。
（六）廉政會報規劃執行。
（七）其他交辦事項。
三、第三科
（一）機構有關之貪瀆與不法事項之處理。
（二）對於具有貪瀆風險業務之清查。
（三）訂定督導考核違反政風案件、政風檢舉案件之處理情形。
（四）其他交辦事項。