企劃處分設企研科、開發科、地權科、綜核科四科分別掌理下列事項：
一、企研科
（一）鐵路建設營運中長程發展計畫。
（二）政府年度經建（鐵路）計畫先期作業之彙編。
（三）鐵路資源規劃，有關事業計畫編擬及資本支出預算彙編。
（四）鐵路資源規劃，有關重大改革業務彙辦。
（五）鐵路重大建設計畫之綜合研析。
（六）配合政府其他重大建設計畫之綜合研析。
（七）都會區鐵路立體化改善之綜合研析。
（八）都會區鐵路轉型捷運化之綜合研析。
（九）鐵路事業策略綜合研析。
（十）鐵路事業專案計畫之綜合研析。
（十一）其他交辦事項。
二、開發科
（一）不動產運用策略及附屬事業發展計畫。
（二）不動產開發利用計畫之綜合研析。
（三）不動產開發系統建立及資料建檔與更新。
（四）土地開發有關之都市計畫、市地重劃等相關業務之綜合研析。
（五）都市更新之規劃及執行業務。
（六）促進民間參與公共建設之規劃及執行業務。
（七）車站特定專用區規劃及建設業務。
（八）其他土地開發、招商興建及營運等相關業務。
（九）公共設施多目標使用申請及執行業務。
（十）其他交辦事項。
三、地權科
（一）不動產管理系統建立及資料建檔與更新。
（二）鐵路建設或營運需用土地之徵收、價購、撥用等相關業務。
（三）不動產現場管理及維護業務。
（四）不動產被占用之排除及相關處理措施。
（五）不動產出租及提供使用等相關業務。
（六）不動產出售及其他處分等相關業務。
（七）不動產提供地方政府綠美化等相關業務。
（八）配合辦理地權有關之都市計畫通盤檢討與變更等相關業務。
（九）不動產財產增加、減損及所有權變更登記等相關事項。
（十）其他交辦事項。
四、綜核科
（一）宿舍及附屬事業建築物之物業管理系統建立及資料建檔與更新。
（二）宿舍使用、管理、修繕等相關事宜之統籌業務。
（三）附屬事業不動產之物業管理。
（四）企劃處、資訊中心人力規劃、訂定、執行、督導、考核。
（五）企劃處、資訊中心年度預算編列、執行、控管。
（六）企劃處文書處理、檔案管理。
（七）企劃處庶務管理及帳務管理。
（八）企劃處常年、一般及專業教育訓練。
（九）其他交辦事項。