安檢組之職掌如左：
一、走私、偷渡、逾運械彈、毒品等案件防處之規劃、督導事項。
二、安檢工作執行之規劃及督導事項。
三、安檢專業教育、訓練事項。
四、安檢警力、裝備需求之建議事項。
五、限制入出境對象之防制及連繫事項。
六、海岸警備任務之協調事項。
七、航漁政及有關單位委託執行事項之轉達及督導事項。
八、海上射擊通報之宣導事項。
九、船隻識別信號之轉發事項。
十、漁船 (民) 情報之諮詢與蒐集、處理事項。
十一、漁業保防工作之配合執行事項。
十二、協助偵辦走私、漏稅、私煙酒及取締大陸地區物品事項。
十三、預防犯罪及協助偵查刑案之執行、督導、考核事項。
十四、司法警察業務之執行、督導、考核事項。
十五、員警違法案件之移送事項。
十六、安檢及刑事器材購置之擬議及分發、使用事項。
十七、檢警聯席會議之處理事項。
十八、其他有關安檢及刑事事項。