本部為應業務需要得設下列常設性任務編組，其內部組設及主管權責另以設置要點定之：
一、公眾外交協調會：辦理跨地域公眾外交業務、軟實力整合運用之規劃與協調、新聞發布、處理與媒體聯繫、外交文宣資料製作與推廣及網路文宣、資料翻譯、傳譯等業務，置執行長、副執行長各一人，由適當人員擔任。
二、非政府組織國際事務會：辦理協助非政府組織參與國際活動與交流連結、規劃及推動國際人道援助、國際事務人才培力，置執行長、副執行長各一人，由適當人員擔任。
三、國會事務辦公室：辦理本部與立法院及監察院之聯繫、協助推動國會外交，置執行長、副執行長各一人，由適當人員擔任。