本署置主任秘書一人，技監四人或五人，參事三人或四人，處長七人，職務均列簡任第十二職等；副處長七人，職務列簡任第十一職等；室主任一人，專門委員十人至十二人，職務均列簡任第十職等至第十一職等；技正六十一人至七十一人，視察十五人至十九人，秘書九人至十一人，職務均列薦任第八職等至第九職等，其中技正三十人，視察八人，秘書五人，職務得列簡任第十職等至第十一職等；科長五十一人至五十五人，隊長十四人至十八人，職務列薦任第九職等；專員二十二人至二十四人，分析師四人至六人，管理師二人至四人，設計師七人至十一人，職務均列薦任第七職等至第九職等；技士一百四十三人至一百五十三人，科員六十五人至七十三人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；管理員三人至五人，技佐七十七人或七十八人，職務均列委任第四職等至第五職等，其中管理員二人、技佐三十九人，職務得列薦任第六職等；辦事員七人或八人，職務列委任第三職等至第五職等；書記二十七人至三十一人，職務列委任第一職等至第三職等。
前項員額中，專門委員一人、秘書三人、技正三人、專員二人、技士六人、科員二人、技佐十四人、辦事員二人及書記四人，由原臺灣省政府公務人員隨業務移撥者，出缺後不補。
本條例修正施行前，本署及原臺灣省政府環境保護處原依雇員管理規則僱用之現職雇員，其未具公務人員任用資格者，得占用第一項書記職缺，繼續僱用至離職時為止。