珊瑚漁船應接受中央主管機關指派之觀察員隨船觀察作業，並與漁業巡護船或海巡艦艇保持通訊聯絡及接受登船檢查。
配合觀察員隨船觀察作業，珊瑚漁船之漁業人應辦理事項如下：
一、依中央主管機關通知之時間及地點，接載及送返觀察員。
二、提供觀察員相當於幹部船員之生活照顧、醫療與待遇。
三、其他應指示珊瑚漁船船長及船員遵行之事項。
配合觀察員隨船觀察作業，珊瑚漁船之船長及船員應遵行事項如下：
一、於觀察員登船時，船長應向觀察員說明漁船之作息方式、安全維護及漁船設施，並將觀察員上船執行任務之事實，通報全船人員知悉。
二、每日應提供漁撈日誌供觀察員查核。
三、提供並協助觀察員獨立使用衛星電話、單邊帶無線電話（SSB） 等通訊設備。
四、不得妨礙觀察員紀錄漁船航行儀器相關資訊。
五、協助觀察員蒐集研究之珊瑚樣本。
六、提供觀察員在作業漁船上生活與執行任務所需之空間、設備及資料，並於觀察員執行任務時，為必要及充分之協助。
七、為觀察任務需要，不得拒絕或妨礙觀察員就觀察任務有關事項所為詢問及作成紀錄。
八、簽署觀察員執行任務所得之資料或所作之紀錄，如對紀錄內容有不同意見時，得附記其意見。
九、漁船船長應確保觀察員安全，漁船遇有緊急危難時，應予特別照護及給予避難協助。