主管機關得派員至前條漁船或有關辦公處所、倉儲場所或其他場所，檢查其漁獲物或漁產品、簿據及其他物件，並得詢問關係人；關係人不得規避、妨礙或拒絕。必要時，得會同海岸巡防機關或警察機關人員辦理。前述檢查過程應作成紀錄存查。
執行前項檢查後有事證顯示該船從事或協助非法、未報告或不受規範漁撈作業，主管機關應拒絕提供該船卸貨、轉載、包裝、漁獲加工、加油、補給、維修或其他港口設施服務，並限制該船離港。但於船員基本生活所需範圍內之補給，不在此限。
第一項人員於執行檢查時，應提示身分證明及指定檢查範圍之機關證件；其未經提示者，被檢查人得拒絕之。
第二項檢查結果之相關資料，主管機關應通知該船船籍國、相關國家及國際漁業組織。
主管機關依前項規定通知後，於六十日內未接獲船籍國、相關國家或國際漁業組織書面請求協助，或經雙方諮商未達成協議時，得令該船限期離港。