秘書室分設二組，其職掌如下：
一、機要組
（一）機要文件之收發、擬辦及保管事項。
（二）重要工作報告及文電撰擬事項。
（三）校務會議及行政會議之議事管理事項。
（四）校史、校況之編撰事項。
（五）校長、副校長交辦事項。
（六）不屬於其他各單位事項。
（七）其他有關機要事項。
二、文書組
（一）公文之收發、分辦、繕校、印信典守、檔案管理事項。
（二）各單位公文處理情形之查詢、稽催及表報之統計事項。
（三）各單位代判公文之補陳閱事項。
（四）施政計畫、年終業務檢討報告之彙編事項。
（五）研究發展業務之推動事項。
（六）重要工作計畫執行進度之追蹤檢查事項。
（七）本校法令規章之蒐集及登錄事項。
（八）其他有關文書業務事項。