企劃處分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
(一) 關於政府組織再造之推動事項。
(二) 關於營造英語生活環境行動方案之推動事項。
(三) 關於院長、署長立法院施政書面及口頭報告之彙編事項。
(四) 關於研發創新實施計畫之推動事項。
(五) 關於出國人員報告之彙編事項。
(六) 關於衛生人員專業培訓之督導、策劃事項。
(七) 其他有關綜合性業務之企劃事項。
二、第二科：
(一) 關於本署及所屬機關年度施政計畫之研訂事項。
(二) 關於本署年度重要計畫之先期作業及管制考核事項。
(三) 關於本署所屬機關工作績效考評事項。
(四) 關於地方衛生機關工作績效考評事項。
(五) 關於所屬國營事業工作考成事項。
(六) 關於上級機關交辦案件之追蹤管制事項。
(七) 關於各項衛生業務之行政革新及為民服務事項。
(八) 關於大陸專業人士來臺參觀訪問審查事項。
(九) 其他有關綜合性業務之管考事項。
三、第三科：
(一) 關於本署綜合性衛生政策宣導事項。
(二) 關於本署出版品業務之管理事項。
(三) 關於國內外有關衛生圖書資料之蒐集及交流事項。
(四) 關於本署公文品質提昇事項。
(五) 關於本署署務會議、衛生機關會報及署長室交辦事項之追蹤管制事
項。
(六) 有關推廣衛生相關單位及團體志願服務業務規劃事項。
四、第四科：
(一) 關於醫藥衛生政策相關之科技研究發展事項。
(二) 關於國家衛生研究院研究政策督導事項。
(三) 關於全民健康保險業務之規劃、督導及評估事項。