秘書室分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
(一) 關於公文收發及分辦事項。
(二) 關於公文繕校事項。
(三) 關於印信典守事項。
(四) 關於印信之請頒及頒發事項。
(五) 關於檔案分類綱目表之編定事項。
(六) 關於歸檔文件之分類整理、編目及立卷事項。
(七) 關於檔案文卷出納及保管事項。
(八) 關於檔案之清理及移送國史館典藏事項。
(九) 其他有關文書檔案管理事項。
二、第二科：
(一) 關於財物採購事項。
(二) 關於勞務採購事項。
(三) 關於工程採購事項。
(四) 關於營繕工程事項。
(五) 關於工程施工查核督導事項。
(六) 關於事務檢核及輔導事項。
(七) 關於採購人員之教育訓練事項。
(八) 關於勞工保險事項。
(九) 關於款項之收支事項。
(十) 關於票據之保管事項。
(十一) 關於零用金之處理事項。
(十二) 關於員工薪津之請領發放事項。
(十三) 其他有關事務管理事項。
三、第三科：
(一) 關於採購稽核輔導事項。
(二) 關於事務管理人員教育訓練事項。
(三) 關於財產、物品之管理事項。
(四) 關於物品之規劃及管理領發事項。
(五) 關於各項財產表冊編製盤點及報廢事項。
(六) 關於司機、技工及工友之管理事項。
(七) 關於車輛調配使用及管理事項。
(八) 關於辦公廳舍之規劃管理及環境衛生管理事項。
(九) 關於辦公廳舍及財物安全防護事項。
(十) 關於會議場所之佈置及管理事項。
(十一) 其他有關行政管理事項。