統計室分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
(一) 關於衛生統計制度及工作計畫之規劃擬訂事項。
(二) 關於國民健康會計帳制度之規劃、設計、推行及改進事項。
(三) 關於國民醫療保健支出統計之資料蒐集、整理、彙編、分析及報告
編製事項。
(四) 關於衛生統計調查制度之規劃、推行、統計及分析事項。
(五) 關於醫療保健產業關聯表基礎資料之建置事項。
(六) 關於家庭部門醫療保健支出之推估統計及分析事項。
(七) 關於政府部門醫療保健支出之統計及分析事項。
(八) 關於衛生統計研究發展及應用推廣事項。
(九) 關於全民健康保險疾病別醫療統計之規劃改進、資料蒐集、整理、
分析及報告編印事項。
(十) 關於全民健康保險疾患疾病資料庫之建置及 管理事項。
(十一) 關於醫療保健支出、疾病統計資料之提供事項。
(十二) 關於本署及所屬機關人員任免、遷調、考核、獎懲案件之擬辦事
項。
(十三) 其他有關衛生疾病及醫療保健支出統計事項。
二、第二科：
(一) 關於生命統計制度及工作計畫之規劃擬訂事項。
(二) 關於生命統計資料之整理、註碼、檢誤、統計、分析及報告編製事
項。
(三) 關於衛生統計所需人口、社會資料之蒐集及建檔事項。
(四) 關於疾病負擔與健康餘命統計資料蒐集、整理、統計、分析及報告
編製事項。
(五) 關於直轄市、縣 (市) 、鄉 (鎮、市) 別衛生、生命指標之建構事
項。
(六) 關於死亡證明書之研修及公告事項。
(七) 關於本署各單位資料檔整合統計分析應用事項。
(八) 關於衛生統計資訊網網站之建置、更新及維護事項。
(九) 關於生命統計資料檔之提供事項。
(十) 關於國際疾病傷害與死因分類之蒐集、編訂及其他衛生統計標準代
碼之蒐集、訂定與公告事項。
(十一) 關於國際生命統計資料、醫療保健支出、疾病統計資料之蒐集及
彙編事項。
(十二) 其他有關生命衛生統計事項。
三、第三科
(一) 關於衛生公務統計制度及工作計畫之規劃擬訂事項。
(二) 關於衛生公務統計資料之管理、發布、提供、會核及交換事項。
(三) 關於生命統計初級資料之蒐集及初審事項。
(四) 關於直轄市、縣 (市) 別與國際衛生統計指標資料之蒐集、管理、
發布、提供、分析及交換事項。
(五) 關於醫事機構服務量統計之規劃及改進事項。
(六) 關於醫事機構現況與醫院服務量資料之蒐集、整理、檢誤、統計、
分析及報告編製事項。
(七) 關於衛生統計報告之彙編、整理及輯印事項。
(八) 關於衛生指標資料之蒐集及彙編印製事項。
(九) 關於醫事機構資料檔之提供事項。
(十) 關於衛生統計冊籍圖表之設計事項。
(十一) 關於其他衛生公務統計事項。