本署國際合作處分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
(一) 推動參與世界衛生組織及其相關組織之策劃及協調事項。
(二) 參與其他相關國際組織之策劃及協調事項。
(三) 從事多邊會談及衛生合作交流與援外計畫之策劃、協調及推動事項
。
(四) 其他多邊國際衛生合作事項。
二、第二科：
(一) 推動雙邊衛生合作之研析、策劃事項。
(二) 進行雙邊衛生會談及衛生合作交流與援外之協調及推動事項。
(三) 進行國際衛生相關資訊、輿情與宣導活動報導之整合及宣傳事項。
(四) 其他雙邊國際衛生合作事項。
三、第三科：
(一) 關於本署派員出國計畫統整及協調事項。
(二) 關於本署其他業務單位之國際衛生合作業務連繫、協助及推動事項
。
(三) 從事國際衛生人才培育及儲訓事項。
(四) 駐外相關業務之規劃及推動事項。
(五) 其他國際衛生綜合事務之處理事項。