會計室分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
(一) 關於本署及所屬機關預 (概) 算之彙編事項。
(二) 關於所屬機關歲計業務之督導及查核事項。
(三) 關於預算對外對內重要報告之撰擬彙整事項。
(四) 關於動支第一預備金之申請及第二預備金之核轉事項。
(五) 關於營業及非營業特種基金 (不含醫療藥品基金) 表報、預算、決
算之編審。
(六) 督導營業及非營業特種基金預算之執行事項。
(七) 關於本署及所屬機關分配預算之編審及修改事項。
(八) 其他有關歲計事項。
(九) 關於會計業務績效管理、分層負責及辦事細則之彙編事項。
(十) 關於會計人員各項訓練事項。
(十一) 關於本署及所屬機關會計人員任免、遷調、考核、獎懲案件之擬
辦事項。
二、第二科：
(一) 關於本署歲出預算執行之控管審核及督導所屬公務預算執行事項。
(二) 關於委辦及補助案件，就地審計之申請及抽查事項。
(三) 關於本署工程之定作、財物之買受、定製、承租及勞務之委任或僱
傭之開標、比價、議價、決標及驗收之會同監辦事項。
(四) 關於經費負擔之契約審核事項。
(五) 關於經費流用及歲出預算保留之處理事項。
(六) 其他有關會計審核事項。
三、第三科：
(一) 關於本署及所屬機關會計報告及決算之編審事項。
(二) 關於本署歲入憑證之審核事項。
(三) 關於本署及所屬機關現金、票據及公庫之查核事項。
(四) 關於所屬機關會計業務之督導事項。
(五) 關於帳務登記及憑證送審事項。
(六) 關於傳票及支付憑單之簽發事項。
(七) 關於暫付款之清理事項。
(八) 關於公款支付期限報表之彙編及查核事項。
(九) 關於憑證及傳票整理及保管事項。
(十) 關於財產增減帳之會核及會同檢查本署及所屬財產事項。
(十一) 其他有關會計事項。
四、第四科
(一) 關於本署醫療藥品基金表報預算、決算之編審事項。
(二) 關於本署所屬醫院預算、會計業務之督導及查核事項。
(三) 關於醫療藥品基金資本支出之保留處理事項。
(四) 關於本署醫療藥品基金 (統籌部分) 預算執行之審核事項。
(五) 關於代辦藥品物料聯合訂購網有關會計憑證審核及代墊款項清理事
項。
(六) 關於護理及健康照護處會計業務處理事項。
(七) 關於醫院管理委員會會計業務處理事項。