政風室分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
(一) 關於政風機構組織設置及員額編制事項。
(二) 關於政風人員派免遷調、訓練進修、考核獎懲及人事管理建議事項
。
(三) 關於本署政風工作年度計畫之策劃、擬訂及推動事項。
(四) 關於訂定、修正政風法令及訂定政風工作手冊事項。
(五) 關於調查分析機關政風狀況及研擬改進措施事項。
(六) 關於辦理政風督導小組會議及相關事項。
(七) 關於危害或破壞本機關事件之預防事項。
(八) 關於協助處理陳情請願事項。
(九) 關於受理政風檢舉案件及查處事項。
(十) 關於本署採購業務監辦事項。
(十一) 關於本署 (署本部) 公務機密維護事項。
(十二) 關於本署附屬機關政風業務之審核、指導等事項。
(十三) 本室行政綜合事項。
(十四) 其他有關政風交辦事項。
第二科：
(一) 關於訂定公務機密維護規定、宣導公務機密維護法令及做法事項。
(二) 關於推動資訊保密事項。
(三) 關於洩密案件查處事項。
(四) 關於評估易滋弊端業務、協調策訂防弊措施及追蹤管制防弊措施執
行情形事項。
(五) 關於稽核易滋弊端業務事項。
(六) 關於查察作業違常單位及生活違常人員事項。
(七) 關於政風業務督訪規劃及秘書事項。
(八) 關於蒐集施政民意反應及研提政風興革建議事項。
(九) 關於受理公職人員財產申報、查閱及辦理審核事項。
(十) 關於本署政風法令宣導事項。
(十一) 關於本署中興辦公室採購監辦事項。
(十二) 關於本署中興辦公室安全維護事項。
(十三) 關於本署署立醫院政風業務之審核、指導事項。
(十四) 其他有關政風交辦事項。