飛航業務室掌理事項如下：
一、飛航情報、飛航管制、航空氣象與航空通信業務之規劃、建議、審核及督導。
二、臺北飛航情報區（以下簡稱本區）空域運用之規劃及建議。
三、飛航管制事件之調查、研判及處理。
四、飛航服務業務之研究發展。
五、飛航管制人員之證照管理。
六、軍事演習、火砲射擊等空域申請之協調及處理。
七、飛航情報、飛航管制、航空氣象與航空通信作業單位人力與席位需求之規劃及建議。
八、飛航業務資料之統計、分析及提供。
九、各項訓練之規劃及彙辦；訓練手冊之彙編；出國開會、考察、研究、進修、實習等業務之規劃、彙辦及管考。
十、其他有關飛航業務事項。