會計室職掌如下：
一、本署歲入、歲出單位概（預）算之擬編事項。
二、本署所屬機關歲入、歲出概（預）算之審核及彙編（轉）事項。
三、本署年度分配預算之擬編及所屬機關分配預算之核轉事項。
四、本署及所屬機關經費流用、應付歲出款與預備金動支之申請及核轉事
項。
五、本署及所屬機關歲入、歲出追加（減）與變更預算之審核及編報事項
。
六、本署歲入、歲出預算與各種基金之執行控制及審核。
七、本署及所屬機關工程之定作、財物之買受、定製、承租及勞務之委任
或僱傭等開標、比價、議價、決標之會同監辦事項。
八、第一及第二預備金支出之審核事項。
九、本署歲入、歲出預算及各種基金之記帳憑證編製、各種帳簿登記、會
計報告之編製事項。
十、本署歲入、歲出預算各項原始憑證之送審事項。
十一、本署現金、票據、有價證券及財產物品之檢查、核對事項。
十二、本署及所屬機關歲入、歲出單位決算之審核及彙編事項。
十三、本署所屬機關會計報告之審核及預算執行與績效之查核事項。
十四、本署所屬機關財務案件之查核事項。
十五、本署及所屬機關會計制度之設計、擬訂、核轉事項。
十六、本署及所屬機關會計人員之派免、陞遷、訓練及考核獎懲之擬議事
項。
十七、其他有關會計、歲計事項。