司法行政廳之職掌如下：
一、司法機關組織之規劃、調整及法規研擬事項。
二、司法院會議之議事事項。
三、全國性司法會議之籌劃、議事事項。
四、施政計畫之彙編事項。
五、本院及所屬機關行政業務研究發展、考核及檢查事項。
六、司法機關之便民禮民服務及訴訟輔導之行政事項。
七、法律扶助制度之研究發展及財團法人法律扶助基金會之監督、管理事項。
八、司法制度之法規研擬及推展事項。
九、法官評鑑之行政事項。
十、兩岸司法交流事項。
十一、本院及所屬機關房舍新、增、改、擴、遷建之評估事項。
十二、其他交辦事項。