秘書處之職掌如下：
一、文書、檔案管理事項。
二、印信典守事項。
三、本院及所屬機關房舍新、增、改、擴、遷建新興房屋建築計畫之審核及彙辦事項。
四、公報之編印及發行事項。
五、圖書、刊物之蒐集、編目及管理事項。
六、防空、疏散、消防、防災及防護團組訓事項。
七、本院工友、技工及駕駛之管理及所屬各機關上開人員預算員額之規劃等事項。
八、本院工友、技工、駕駛及約聘（僱）人員勞工保險及全民健康保險事項。
九、工程、財物及勞務採購事項。
十、國有公用財產、物品及車輛管理事項。
十一、醫療服務及衛生保健指導事項。
十二、出納及其他事務管理事項。
十三、其他交辦事項。