徵收對象之排放水質，依下列方式之一計算：
一、以該業別或海放管放流水標準最大限值百分之九十計算。
二、以申報繳費當期之定期檢測申報（以下簡稱定檢申報）最大值，或依規定無須定檢申報者，得以水質檢測值計算。
三、依規定設置水質自動監測設施者，得以申報繳費當期傳輸之自動監測數據計算。
四、其他經中央主管機關認可之計算方式。
有前條第一款至第六款情形之一者，水質計算方式如下：
一、主管機關認定之違規水質項目，該期排放水質以主管機關之查核檢測值計算。但主管機關無查核檢測值、查核檢測值低於該業別或海放管放流水標準最大限值、非主管機關認定之違規期間，依該業別或海放管放流水標準最大限值計算。
二、非主管機關認定之違規水質項目，依前項第一款至第三款、第四項及第五項規定計算。
違規期間、水質項目、計算方式等除依前項規定外，主管機關並得依個案實際運作情形、查核結果及查核檢測值核定計算結果。
第一項第三款水質自動監測數據之計算公式規定如下：
一、Ci：各徵收項目當期每日水質之算術平均值。
二、Qi：當期每日累計排放水量。
徵收對象依第一項第二款、第三款規定申報之水質，其數值有下列情形之一時，應以主管機關之查核檢測值計算。但主管機關之查核檢測值大於該業別或海放管放流水標準最大限值百分之九十時，依第一項第一款規定計算：
一、化學需氧量、氨氮、懸浮固體、銅、鋅及總鉻，其數值小於申報繳費當期主管機關之查核檢測值，達百分之二十以上。
二、鉛、鎳、總汞、鎘、砷、錫、氰化物，其數值小於申報繳費當期主管機關之查核檢測值，達百分之四十以上。
第二項及前項之主管機關查核檢測值，於申報繳費當期同一徵收項目如有二筆以上數值時，以算術平均值進行比對及計算。
第一項第二款之水質檢測值為未檢出（N.D.）者，則以方法偵測極限值（MDL）申報計算。