水污染防治費之徵收項目如下：
一、化學需氧量。
二、懸浮固體。
三、鉛、鎳、銅、鋅、錫、總汞、鎘、總鉻、砷、氰化物等項目。
四、燃煤電力設施海水排煙脫硫廢水之硫氧化物。
五、氨氮。
徵收對象所排放之廢（污）水，不含前項第三款徵收項目者，得檢具製程及廢（污）水處理程序中，不使用且不產出該等項目之證明文件，或排放含該等項目之水質檢測結果低於放流水標準最大限值百分之十之檢測報告，經直轄市、縣（市）主管機關認定後，向中央主管機關申請免繳納該項目當期之水污染防治費，並自下一期起得免再申報該項目。
徵收對象有下列情形之一者，得免檢具前項規定文件，免申報繳納該項目之水污染防治費：
一、水污染防治許可證（文件）未登載第一項第三款或第五款之徵收項目。
二、應適用之放流水標準，無第一項第五款規定之徵收項目。
水污染防治許可證（文件）僅登載三價鉻或六價鉻者，應申報繳納總鉻徵收項目之水污染防治費。