保稅倉庫業者應依海關規定，設置存貨簿冊經海關驗印後使用，對於貨物存入、提出、自行檢查或抽取貨樣，均應分別詳實記載於該簿冊內。海關得隨時派員前往倉庫檢查貨物及簿冊，必要時，得予盤點，倉庫業者及其僱用之倉庫管理人員應予配合。
前項倉庫業者因登帳所需之進倉或出倉貨物之報單號碼、報單別、項次、貨名、數量、單位等資料，存倉或出倉申請人應據實提供。
保稅倉庫經核准辦理重整業務者，依第一項規定設置簿冊，應按國外進口貨物、國產保稅貨物、其他非保稅貨物及重整後成品貨物，分別設置存貨帳冊。
保稅倉庫存儲展覽物品依第一項規定設置之簿冊，應詳列各項參加展覽物品之參展廠商、貨名、規格、數量等資料，並註明展示陳列位置，以備查核，但展覽期限短暫，參展貨物繁多者，得向海關申請，以核發之進口報單副本按序裝訂成冊代替。
保稅貨物進出保稅倉庫，應於進、出倉之翌日起二日內登列有關帳冊。