本局設下列科、中心、室、大隊：
一、預防科，分三股辦事。
二、偵查科，分四股辦事。
三、反黑科，分二股辦事。
四、司法科，分二股辦事。
五、理化科，分六股辦事。
六、指紋科，分三股辦事。
七、生物科，分三股辦事。
八、紀錄科，分二股辦事。
九、國際刑警科，分二股、二隊辦事。
十、後勤科，分二股辦事。
十一、科技研發科，分三股辦事。
十二、刑事資訊科，分四股辦事。
十三、通訊監察科，分四股辦事。
十四、兩岸科，分二股辦事。
十五、經濟科，分二股辦事。
十六、督訓科，分二股、一隊辦事。
十七、偵防犯罪指揮中心，分二股辦事。
十八、毒品查緝中心。
十九、科技犯罪防制中心，分二股、一隊辦事。
二十、刑事鑑識中心，分二股辦事。
二十一、詐欺犯罪防制中心，分三股、二隊辦事。
二十二、公共關係室。
二十三、秘書室，分三股辦事。
二十四、人事室，分三股辦事。
二十五、政風室。
二十六、主計室，分三股辦事。
二十七、偵查第一大隊至偵查第九大隊、電信偵查大隊、智慧財產權偵查大隊，分四十隊辦事。