主管機關核發漁業證照及管理權責劃分如下：
一、中央主管機關：
（一）專用漁業權漁業。
（二）作業區域跨越二直轄市、縣（市）以上之定置、區劃漁業權漁業。
（三）非屬直轄市、縣（市）主管機關主管之特定漁業及娛樂漁業。
二、直轄市主管機關：
（一）作業區域在直轄市轄區內之定置、區劃漁業權漁業。
（二）使用漁船總噸位未滿一百之特定漁業及娛樂漁業，且漁業根據地在該直轄市者。
三、縣（市）主管機關：
（一）作業區域在縣（市）轄區內之定置、區劃漁業權漁業。
（二）使用漁船總噸位未滿二十之特定漁業及娛樂漁業，且漁業根據地在該縣（市）者。