新興傳染病組分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科： (生物事件政策與防治科)
(一) 不明原因感染症死亡之疫情調查事項。
(二) 不明原因突發流行疫情之流行病學調查事項。
(三) 生物恐怖事件發生時疫情調查之督導及支援事項。
(四) 應用流行病學專業人員之培訓事項。
(五) 流行病學人才短期訓練之訓練事項。
二、第二科： (新興感染政策與防治科)
(一) 權責疾病防治政策之相關規劃及督導事項。
(二) 權責疾病之訓練準備、研究發展及應用事項。
(三) 權責疾病個案通報資料分析及疫情研判事項。
(四) 權責疾病突發流行事件之防治處理事項。
(五) 人畜共通傳染病之跨部會聯繫事項。
(六) 其他有關權責疾病臨時交辦事項。