會計室分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科： (預算、審核科)
(一) 本局歲入、出預 (概) 算之編審事項。
(二) 本局預算對外、對內重要報告之撰擬、彙整事項。
(三) 本局動支第一、第二預備金之申請事項。
(四) 本局分配預算之編審及修改事項。
(五) 辦理本局歲出保留申請事項。
(六) 辦理本局經費流用及歲出保留審核等事項。
(七) 本局歲出預算之動支、簽證及查核事項。
(八) 本局支出憑證之審核事項。
(九) 本局發生預算負擔之契約審核事項。
(十) 補助或委託本局辦理各項計畫費用之審核事項。
(十一) 本局辦理政府採購招標、比價、議價及驗收之監辦事項。
(十二) 本局暫付款之清理事項。
(十三) 本局對外補助、委辦款項之就地查核。
(十四) 非營業基金預算、決算、收支、會計報告及其審核、編製事項。
(十五) 其他與非營業基金有關之會計作業事項。
(十六) 本局會計人員任免、陞遷調、考核、獎懲案件之擬辦事項。
(十七) 其他與會計審核有關之業務。
二、第二科： (帳務、統計科)
(一) 本局歲入、出決算之編審事項。
(二) 本局決算對外、對內重要報告之撰擬、彙整事項。
(三) 本局歲入預算之審核。
(四) 本局歲入預算之編製傳票、憑單等會計事項。
(五) 本局支出憑證之編製傳票、憑單等會計事項。
(六) 本局會計憑證送審事項。
(七) 本局收支憑證、傳票整理及保管事項。
(八) 本局 (含分局) 現金、票據及公庫等之查核事項。
(九) 本局 (含分局) 公務財產帳務及查核事項。
(十) 本局會計報告之編審事項。
(十一) 本局會計帳簿列印等事項。
(十二) 本局新增業務、會計法規、制度之研擬與建置。
(十三) 本局公務統計業務事項。
(十四) 其他有關會計帳務作業事項。