感染控制組分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科： (醫院感染控制科)
(一) 醫院感染控制政策規劃事項。
(二) 醫院院內感染監視通報規劃與督導事項。
(三) 醫院感染控制諮詢委員會議暨相關事項。
(四) 醫院感染控制之輔導與查核事項。
(五) 醫院感染控制人才培訓、教育訓練及研究發展事項。
(六) 醫院抗生素使用管制相關措施之督導事項。
(七) 其他有關醫院感染控制相關事項。
二、第二科： (感染症醫療網管理科)
(一) 感染症防治醫療網政策之規劃。
(二) 感染症防治醫療網相關單位之溝通聯繫事項。
(三) 關於感染症防治醫院之合作輔導事項。
(四) 關於「署立感染症防治中心」之規劃、委託經營管理事項。
(五) 其他有關感染症防治醫療網相關事項。