研究檢驗中心掌理事項如下：
一、傳染病病原體及病媒研究事項。
二、傳染病病原體及病媒學術研究之策劃事項。
三、傳染病病原體及病媒研究重點方針訂定事項。
四、傳染病病原體及病媒研究成果發表事項。
五、傳染病個案檢體檢驗事項。
六、傳染病病原體檢驗結果判定事項。
七、實驗室品質保證實施事項。
八、傳染病病原體檢驗標準程序訂定事項。
九、傳染病病原體檢驗認證授權事項。
十、傳染病病原體檢驗及病媒調查訓練事項。
十一、病媒鑑定、標本蒐集、維護等事項。
十二、重要病媒之飼養及供應事項。
十三、其他有關防疫檢驗及病媒調查事項。