檢疫組分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科 (邊境檢疫科) ：
(一) 船舶、航空器及港區衛生管理政策之規劃及督導事項。
(二) 國際航線入境旅客邊境檢疫政策之規劃及督導事項。
(三) 港區除鼠、滅蟲、消毒藥品器材儲備事項。
(四) 船舶、航空器及港區衛生管理業務資料之蒐集、統計事項。
(五) 細胞株、抗體輸出入許可之審核事項。
(六) 邊境檢疫跨部會協調與合作事項。
(七) 其他有關船舶、航空器、入境旅客檢疫及港區衛生管理事項。
二、第二科 (外勞健檢科) ：
(一) 外籍勞工健康管理業務之規劃與督導事項。
(二) 外籍勞工健檢醫院之指定、撤銷與管理事項。
(三) 外籍勞工健康管理資訊系統之規劃及維護事項。
(四) 入境旅客健康聲明通報作業規劃及評估事項。