預防接種組分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科： (資料分析及衛教宣導科)
(一) 疫苗可預防疾病 (狂犬病除外) 資料分析與疫情研判事項。
(二) 疫苗可預防疾病 (狂犬病除外) 疾病流行及聚集之疫情分析與趨勢
研判事項。
(三) 疫苗可預防疾病 (狂犬病除外) 疾病國際疫情之蒐集及分析事項。
(四) 疫苗可預防疾病 (狂犬病除外) 疾病監視資料表報整理及資料庫維
護與管理。
(五) 疫苗可預防疾病 (狂犬病除外) 疾病資料網頁維護。
(六) 辦理「三麻一風」通報作業之評估 (通報率與時效率) 事項。
(七) 辦理「三麻一風」主動監視資料維護與分析事項。
(八) 辦理「急性病毒性Ａ、Ｂ型肝炎」主動監視資料維護與分析事項。
(九) 召開疫情與防治之專家諮詢會議、連繫會報等相關工作事項。
(十) 預防接種衛教宣導企劃與執行事項。
(十一) 預防接種衛教宣導計畫之檢討評估事項。
(十二) 擬訂年度預算編列事項。
(十三) 其他臨時交辦事項。
二、第二科： (政策科)
(一) 肝炎防治計畫相關業務之彙整與管考等事項。
(二) 預防接種相關研究發展之規劃事項。
(三) 推動預防接種資訊管理系統相關業務事項。
(四) 籌辦預防接種諮詢委員會之行政業務事項。
(五) 籌辦預防接種受害救濟審議委員會相關行政業務事項。
(六) 預防接種受害救濟相關法令條文訂定、修正及預算編列事項。
(七) 預防接種各項業務之研考及彙整工作事項。
(八) 其他臨時交辦事項。
三、第三科： (動員科)
(一) 個案之追蹤調查及突發流行事件之防治處理事項。
(二) 建立權責疾病防治動員之標準作業指引 (guideline) 並規劃演習
事項。
(三) 督導地方衛生機關、分局辦理疫情調查與防治措施事項。
(四) 撰寫疫情調查報告並參與連繫會報事項。
(五) 預防接種教育訓練與專業研討事項。
(六) 辦理「根除三麻一風」計畫之彙整及管考等工作事項。
(七) 急性無力肢體麻痺症 (AFP) 監視系統之開發、維護管理及分析整
理事項。
(八) 規劃及辦理因應新型流感大流行防治事項。
(九) 其他臨時交辦事項。
四、第四科： (預防接種實務科)
(一) 各項疫苗之採購及相關經費核銷事項。
(二) 各項疫苗之核發、調配及管控作業事項。
(三) 疫苗冷運冷藏系統管理之制定、執行事項督導、監控及應變措施事
項。
(四) 預防接種各項相關實務之規劃、研擬與推展事項。
(五) 各項地方預防接種相關實務作業之督導、訓練、推動與協調事項。
(六) 預防接種完成率之統計調查、督導及推展事項。
(七) 預防接種紀錄檢查與補種作業之規劃督導與執行事項。
(八) 孕婦Ｂ型肝炎檢驗相關業務規劃與推動事項。
(九) 本局及各分局國際預防接種業務之疫苗調配、管理及宣導事項。
(十) 辦理地方預防接種業務相關經費核銷事項。
(十一) 其他臨時交辦事項。