企劃組分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科： (研考法規科)
(一) 施政方針、施政計畫、專案計畫及重要業務項目之企劃、列管追蹤
及年終考評事項。
(二) 年度工作考成及檢討事項。
(三) 為民服務績效之平時查證及年終考評事項。
(四) 防疫業務研究發展之管制考核與獎勵事項。
(五) 各項防疫法規訂定、修正之研議及審議事項。
(六) 各項防疫法規疑義之答詢事項。
(七) 地方衛生局年度防疫業務綜合考評工作規劃、彙整、推動及考評事
項。
(八) 其他交辦事項。
二、第二科： (科技發展科)
(一) 防疫科技研究發展政策規劃及科技預算之編列事項。
(二) 防疫科技研究發展計畫推動、管制、考核及推薦獎勵事項。
(三) 科技研究發展成果之智慧財產權管理事項。
(四) 防疫資料庫之申請相關事宜。
(五) 研究所畢業役男志願服務國防工業訓儲預備軍 (士) 官實施相關事
項。
(六) 替代役男申請事項。
(七) 其他有關科技研究發展之相關事項。
三、第三科： (衛教企劃科)
(一) 重要中長程行政計畫之規劃、彙整及推動事項。
(二) 重要防疫政策或衛教宣導政策執行成效評估之規劃及推動事項。
(三) 傳染病防治衛教宣導之規劃、訓練及成效評估事項。
(四) 傳染病防治衛教宣導教材、工具及通路之開發、出版、編輯、彙整
及營運事項。
(五) 其他有關衛教企劃事項。
四、第四科： (國內外合作科)
(一) 防疫人員訓練業務之規劃與評估事項。
(二) 國內重要防疫政策之規劃及推動事項。
(三) 防疫志工業務之規劃與推動事項。
(四) 圖書管理業務之規劃及執行事項。
(五) 本局出版品之管理事項。
(六) 關於國際間防疫衛生技術合作與交流之規劃及推動事項。
(七) 關於出國計畫之規劃及報告之管考、彙編事項。
(八) 其他有關國內防疫合作及國際防疫衛生交流合作事項。