第三分局分設二科、各科掌理事項如下：
一、第一科： (檢疫科)
(一) 入出境之船舶、航空器、人員及眼角膜進出口檢疫與處理事項
(二) 染疫或染疫嫌疑航空器、船舶、人員、物品之隔離、留驗、消毒及
入出境旅客傳染病防制調查表及相關書表之回收、通報事項。
(三) 船舶、貨櫃、貨物、倉庫等之除鼠、滅蟲、消毒等衛生管理事項。
(四) 港區病媒調查與管制事項。
(五) 國際預防接種簽證與疫苗儲存處理事項。
(六) 入出境屍體查驗、簽證事項。
(七) 各種檢體採驗、整理、送驗及登記事項。
(八) 各項檢疫規費徵收、檢疫憑證簽發事項。
(九) 辦理檢疫之衛教宣導事項。
(十) 各種檢疫藥品、器材之儲存、統計事項。
(十一) 檢疫業務資料之整理、統計及報告事項。
(十二) 其他有關檢疫及行政管理事項。
二、第二科： (防疫科)
(一) 督導轄區地方衛生機關辦理傳染病防治及衛教宣導事項。
(二) 輔導轄區疫情之監測、蒐集、調查及報告事項。
(三) 轄區定點醫師及醫院通報疾病資料之蒐集、調查、聯繫、採檢、送
驗及處理事項。
(四) 輔導轄區疫病突發流行之應變及處理事項。
(五) 協助轄區境外移入傳染病之追蹤監測及處理事項。
(六) 防疫藥品、疫苗、生物製劑及器材之儲備管理事項。
(七) 醫院感染控制查核及輔導事項。
(八) 感染症防疫人才培育及訓練事項。
(九) 感染症及重症病患醫療照護之行政事項。
(十) 分局年度施政方針、施政計畫、工作報告事項。
(十一) 分局各項企劃之規劃、研析事項。
(十二) 分局各項指示之管考事項。
(十三) 其他有關業務之規劃、推動事項。
(十四) 其他有關防疫及行政管理事項