第六分局掌理事項如下：
一、進出口航空器、船舶及人員檢疫與處理事項。
二、染疫或染疫嫌疑航空器、船舶、人員、物品之隔離、留驗及消毒事項
。
三、航空器、船舶、貨櫃、貨物、倉庫等之除鼠、滅蟲、消毒等衛生管理
事項。
四、港區病媒調查與管制事項。
五、國際預防接種簽證與疫苗儲存處理事項。
六、入出境屍體查驗、簽證事項。
七、各種檢體採檢、整理、送驗及登記事項。
八、各項檢疫規費徵收、檢疫憑證簽發事項。
九、辦理檢疫之衛教宣導事項。
十、檢疫、防疫業務資料之整理、統計及報告事項。
十一、督導轄區地方衛生機關辦理傳染病防治及衛教宣導事項。
十二、督導轄區疫情之監測、蒐集、調查及報告事項。
十三、轄區定點醫師及醫院通報疾病資料之蒐集、調查、聯繫、採檢、送
驗及處理事項。
十四、輔導轄區疫病突發流行時之應變及處理事項。
十五、協助轄區境外移入傳染病之追蹤監測及處理事項。
十六、防疫藥品、疫苗、生物製劑及器材之儲備管理事項。
十七、防疫、檢疫檢體之檢驗事項。
十八、其他有關檢疫、防疫及行政管理事項。