秘書室分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科： (文書科)
(一) 電子公文收發及分辦事項。
(二) 紙本公文收發及分辦事項。
(三) 本局公文繕校、用印事項。
(四) 本局代署行文之繕校、用印、封發及電子公文傳送事項。
(五) 印信之請頒及頒發事項。
(六) 檔案分類網目表之編修事項。
(七) 歸檔文件之點收、分類整理、掃描編宗、燒錄光碟、電子儲存事項
。
(八) 檔案文卷之保管、修護、借調、清理、銷燬事項。
(九) 機密檔案之保管、解密及安全維護事項。
(十) 現行檔案移轉目錄彙送至檔案管理主管機關事項。
(十一) 回溯檔案整卷編目建檔之目錄彙送及編製檔案移轉目錄表至檔案
管理主管機關事項。
(十二) 檔案管理法規執行事項。
(十三) 其他有關文書管理事項。
二、第二科： (事務科)
(一) 物品設備之採購簽約及驗收核銷事項。
(二) 本局採購督導小組會議之辦理事項。
(三) 本局採購案件申訴審議及履約爭議時協助調解事項
(四) 款項之收支事項。
(五) 票據之保管事項。
(六) 零用金之處理事項。
(七) 員工薪津請領發放事項。
(八) 駕駛、技工及工友之管理事項。
(九) 勞工保險事項。
(十) 車輛調配使用及管理事項。
(十一) 辦公廳舍保養及環境衛生事項。
(十二) 公有財產、物品之管理事項。
(十三) 各項財產表冊編製盤點及報廢事項。
(十四) 辦公廳舍及公有財物安全防護事項。
(十五) 會議場所之佈置及管理事項。
(十六) 物品領發管理事項。
(十七) 其他有關事務管理事項。