防疫組分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科 (腸道傳染病防治科) ：辦理有關霍亂、傷寒、副傷寒、桿菌
性痢疾、阿米巴性痢疾之下列事項：
(一) 疫情監測資料分析與疫情研判事項。
(二) 防治政策之規劃與督導推動事項。
(三) 個案調查及突發流行事件調查之追蹤檢討事項。
(四) 衛教宣導政策企劃與督導推動事項。
(五) 疫情防治相關研究發展規劃事項。
(六) 天然災害之消毒防疫規劃事項。
(七) 防疫消毒藥品採購發放及管理儲備事項。
(八) 其他臨時交辦事項。
二、第二科 (病媒傳染病防治科) ：辦理有關登革熱、瘧疾、恙蟲病、斑
疹傷寒、鼠疫、貓抓病、類鼻疽、Ｑ熱、鉤端螺旋體病、萊姆病之下
列事項：
(一) 疫情監測資料分析與疫情研判事項。
(二) 防治政策之規劃與督導推動事項。
(三) 個案調查及突發流行事件調查之追蹤檢討事項。
(四) 衛教宣導政策企劃與督導推動事項。
(五) 疫情防治相關研究發展規劃事項。
(六) 關於建立病媒性疾病防治動員之標準作業指引及規劃演習事項。
(七) 其他臨時交辦事項。
三、第三科 (呼吸道傳染病防治科) ：辦理有關腸病毒、猩紅熱、退伍軍
人症等傳染病之下列事項：
(一) 疫情監測資料分析與疫情研判事項。
(二) 防治政策之規劃與督導推動事項。
(三) 個案調查及突發流行事件調查之追蹤檢討事項。
(四) 衛教宣導政策企劃與督導推動事項。
(五) 疫情防治相關研究發展規劃事項。
(六) 關於署務會議及主管會報之提報及指示事項之追蹤管考。
(七) 跨科綜合性業務彙整、人員訓練及召募事項、科技發展、會計管考
及預算編列之彙整事項。
(八) 其他臨時交辦事項。